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He recibido 2 factura del taller una de cargo y otra rectificativa por la base imponible y sin iva ¿? como contabilizar, es correcto¿?

Deberias ampliar el tema explicando las circunstancias de este " fra. del taller". Así a secas, poco dejas dicho para que podamos rentender de qué va el asunto.

me refiero que me envia factura, la cual es por cambio de la luna de un vehiculo, y como lo cubre el seguro me da otra factura rectificativa por el importe de la base imponible con iva 0, por lo que pago tan solo al taller el iva, pero com contabilizo estas facturas rectificativa,¿?

La habitual en estos casos es que el taller emite y entrega factura a vuestro cargo por el total de la reparación, con base imponible más IVA.
El taller cobrará la factura a dos tiempos: la base imponible de manos de la Cia. Aseguradora y el IVA por vuestra parte.
En tu contabilidad saldarás la factura, por una parte por el importe del IVA pagado desde vuestra tesoreria y por la base imponible,( pagado por la Cia.) la compensarás con un ingreso como 778-Ingresos excepcionales.

Corroboro lo expuesto por Petrus. Saludos.