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Buenos dias. Vengo con un problema, a ver si a alguien le ha pasado.

Una empresa nos factura prestaciones de servicios,(tractores), tras recibir esta empresa una inspección declara hacienda que esta empresa no podía facturar esos servicios pues esos tractores y esos trabajadores no estaban dados de alta en esa empresa, estaban en otra. Resulta que es un grupo de 3 empresas, y facturan en la que mejor les venga.
Pues a nosotros nos quitan esas facturas por no ser "reales y ajustarse a la normativa", y hacen pagar 5.000€ en el IS, más luego supongo que el IVA.

Como puedo reclamar eso? Yo tengo los albaranes, la facturas, y el pago por el banco, todo legal, salvo que nos facturan quien no es dueña de los tractores y de los trabajadores.

A mi modo de ver tiene fácil recurso.
Tú no tienes por qué saber si la empresa es o no propietaria de los tractores Has recibido un servicio de una empresa legalmente constituida, Te ha facturado el servicio y lo has pagado. Eso es todo.
Si la empresa tiene o no capacidad para prestar ese servicio es una cuestión que ha de dirimir dicha empresa con la AEAT pero no te puede afectar a tí. Apañados estaríamos si tuviésemos que investigar a todas las empresas que nos prestan un servicio si están o no capacitadas legalmente para ello. Es es labor de la Agencia Tributaria.
Supongo que la factura que has recibido tendrá todos los requisitos propios de la factura, entre los que no se encuentra la cuestión de la propiedad de dichos tractores

Hacienda hace lo imposible por recaudar así que no te preocupes. Cuando recibas el acta a la comunicación te dirá donde puedes recurrir, normalmente ante la propia hacienda mediante recurso de reposición, Haces un recurso sin preocuparte mucho de lo que dices porque si o si te lo van a tirar y no te van a dar la razón. Cuando recibas la denegación entonces si, lucete aporta lo que tengas y mas, te enrollas todo lo que puedas, mira por Internet si hay jurisprudencia y con todo el expediente , al recurso económico administrativo que lo pones a través de la propia AEAT y no vale un duro. Y a esperar, mínimo 3 años, mientras tanto todo se queda congelado a la espera del procedimiento. Si te sancionan o te piden intereses de demora, mismo procedimiento.