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Hola! os expongo mi caso para ver si me podéis ayudar:

Tengo una sociedad limitada que presenta el modelo 303 mensual, y resulta que me manda hacienda requerimiento del mes del IVA de marzo diciendo que me hecha para atrás varias facturas, que no me puedo deducir su IVA, porque debo especificar bien el concepto de factura, adjuntar albaranes,... Pero que si consigo reunir todos estos detalles si que podría deducirlo el IVA, en el mes que las declare la factura correcta según me pide hacienda.
Creo que ahora entonces tengo que hacer factura rectificativa anulando la que declaré en marzo, y hacerla de nuevo para declararla en el nuevo mes.
Como hacienda lo que me quita es el IVA no el gasto, mi duda es, ¿cómo se contabiliza contablemente en mi contabilidad la factura rectificativa???, para que no me quite el gasto.
Alguien me puede ayudar.

supongo que estas en SII. Pues bien haces lo que dices . anulas esa factura pero te saldrá la contrapartida en la cuenta del proveedor, A continuación descargas la cuenta del proveedor con contrapartida la cuenta 600 por el gasto y la cuenta 634 por el IVA.
Con esto ya estas en paz.
Si logras demostrar que la deducción te corresponde sigues el camino inverso. Contabilizas la factura normalmente y te deducirás el iva. La contrapartida en la cuenta del proveedor. La descargas con contrapartida la 600 y la 634.