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Buenos días, podríais indicarme como contabilizar una factura recibida intracomunitaria con IVA 20%
y si ese IVA se puede recuperar.

En principio es un mayor coste de la mercancía si no estas en ROI. Puedes pedir la devolución al país de origen mediante un formulario que esta en la pagina de la AEAT. Hay países que lo devuelven y países que no.