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Buenos días.
He presentado hoy el IVA, que salia a pagar, pero me di cuenta que tenia que poner cuotas a compensar de periodos anteriores. Ya me han cobrado el impuesto, y nada acabo de hacer una complementaria, ese importe que me han cargado ya que pasa? me lo devuelven? o tengo que hacer algo?

En el caso que describes, parece ser que la regularización no pasa por presentar Declaración Complementaria del mod. 303. Siendo el error cometido en circunstancia de : "Error contra los intereses del contribuyente", lo que corresponde es presentar a la AEAT un escrito por "ingresos indebidos" explicando los pormenores del error.
Te dejo un enlace localizado en la red de un trabajo que trata de la cuestión:

http://www.captio.net/blog/autoliquidac ... r-un-error