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Si hago una factura a mi cliente y le cobro el transporte en dicha factura ese importe no es una venta a que cuenta de ingresos la apunto? una 759?
y si le hago una factura de arreglo por la mercancia que se ha estropeado en el transporte a la agencia ( que por cierto va exenta de iva) tampoco es una venta a que cuenta la llevo?
porque para el 390 tendre que especificar si es venta u otros ingresos verdad?

La repercusión al cliente de los gastos del transporte del material vendido y a él expedido, pueden registrarse al mejor parecer del emitente. Bien considerarlo como un mayor valor de la venta (700/701) o bien diferenciarlo por conveniencia en otra cuenta de ingresos, por ejemplo la 759-Ingresos por servicios diversos; en tal caso, puestos a individualizar, es aconsejable abrir una auxiliar a 4 dígitos, por ejemplo 759x-Serv. diversos-Transportes. Hay quien, al tratarse de coste transporte que por definición deberían ir a cargo del cliente, la repercusión a éste lo deja abonado en la propia cuenta de gastos 624-Transportes, a fin de que ésta refleje solo el coste esperado.
Si a un cliente le facturas el costo de una reparación a su cargo, lo será a través de la 705-Prestación de servicios.

no es a mi cliente el que le factura el coste de la reparacion es a la propia agencia de transporte le tengo que emitir una factura por la misma y el pagarme dicha reparacion entonces la pongo en una cuenta de ventas?

Por cliente se entiende el destinatario de una factura emitida por vosotros. Tanto da que sea un cliente habitual de vuestra actividad, como una agencia de transportes. La cuenta continua siendo la 705-Prestación de servicios.