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A y B empresas españolas.
La emp A paga por cuenta de B Portes,Iva y aranceles de una importación extraCEE al transportista, como la fra. de éste la emite a la emp A ahora A factura a B los 3 conceptos con o sin IVA, entiendo que el primero (PORTES) si y los otros no, ¿Cómo lo veis vosotros?
Gracias de antemano por vuestro tiempo.

La parte de los transportes que recibe en factura B,de mano del transitario,deben refacturarse sobre A aplicándole el IVA sobre la base imponible.
Por los otros dos conceptos, IVA y aranceles en frontera, forzosamente vienen liquidados por Aduanas a nombre de A, el titular de la importación despachada, por lo que el transitario primero los ha repercutido sobre B y este debe refacturarlos sobre A en carácter de suplidos, es decir sin IVA.

Gracias Petrus por tu respuesta pero he omitido (por querer ser breve) que Aduanas considera a B como importador ¿Cambiaria el asunto del IVA? No se pero eso de aplicar IVA sobre IVA me suena mal

Veamos ... que me parece que me he liado con estos de la "A y la "B". Releido el tema el párrafo de mi anterior debería leerse:
"La parte de los TRANSPORTES que recibe en factura "B" mano del transitario ,deben re-facturarse sobre "A" aplicándole el IVA sobre la base imponible . IVA que resultará soportado y deducible por "A".
Por otra parte si Aduanas registra la importación a nombre de la "B", ésta deberá contabilizarse el IVA como soportado y deducible en su 472 (como si la importación fuese efectivamente suya).
Por otra parte,los ARANCELES , la empresa "B" deberá re-facturarlos sobre "A" ( al igual que los transportes), considerando base imponible su importe pagado a la Aduana y aplicándole el IVA. Para la empresa "A" este IVA le resultará soportado y deducible.
Los TRANSPORTES Y ARANCELES deben repercutirse a "A" con B.I. sujeta al IVA,por cuanto han sido librados en origen con cargo a la empresa "B". Serian "suplidos" tal como figuraba en mi anterior respuesta si Aduana y el Transportista hubiesen librado cargos directamente a "A" como titular de la importación,pero por lo que dices resulta al revés.

B importador (sin cta con DHL por ej.)
A al que DHL le factura pero consign es B
******************************************************
Ahora A le factura a B lo pagado a DHL.
¿Le aplicaria A el IVA de los 3 conceptos a B?

Lo dicho, un lio. Veamos si ahora queda mejor concretado:

"La parte de los TRANSPORTES que recibe en factura "A" de mano del transitario ,deben re-facturarse sobre "B" aplicándole el IVA sobre la base imponible . IVA que resultará soportado y deducible por "B".
Por la parte del IVA en frontera, si Aduanas registra la importación a nombre de la "B", la empresa "A" deberá repercutirlo sobre "B" como un suplido, ya que el documento de Aduana vendrá a nombre de "B". Los suplidos cuando se repercuten no llevan IVA .La empresa "B" deberá contabilizarse el IVA como soportado y deducible en su 472 (la importación viene a su nombre y como si el cargo lo hubiere recibido ella directamente).
Por otra parte,los ARANCELES , la empresa "A" deberá re-facturarlos sobre "B" igual que con el IVA de Aduana como un suplido. Para la empresa "B" este importe deberá considerarlo mayor coste de la compra.
Espero que ahora queda la cosa centrada.

Queda claro, Gracias. Parecia una pregunta de examen final jj

Eso si, de esas que se impugnan por ambiguas o mal redactadas