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Tengo que hacer una factura a un particular que tiene su actividad en Portugal. Nosotros somos una SL española. Me dice que no tengo que aplicar IVA y que he de especificar en la factura la siguiente leyenda: "Exento de IVA. Factura intracomunitaria". Esto es así?

¿ Cual es el objeto motivo de facturación?
¿ Es un suministro de bienes?
¿ Es una prestación de servicios?
¿ en que territorio se ha efectuado la operación?
más detalles... más detalles.

Es una prestación de servicio y se ha realizado en Portugal.

Pues entonces debes facturarle sin IVA, como una prestación de servicios intracomunitaria. Pero para ello deberás primero darte en alta en Hacienda en el R.O.I. (registro operador intra-comunitario)y hacer figurar el número identificativo(CIF comunitario) que te corresponda en la factura.
Te dejo un enlace en el cual se explica de manera suficientemente explícita este trámite inicial.

http://blog.sage.es/economia-empresa/op ... -registro/

Perfecto. Muchas gracias.