Tengo una duda que no consigo resolver y es la siguiente, a ver si alguien pudiera ayudarme

Tengo una factura de un cliente pendiente de cobro con el IVA al 18% (es de 2012). He llegado a un acuerdo con el cliente por el cuál va a pagar una parte de la misma y para lo que no pague me exige una factura rectificativa y saldar así el total de la deuda.
Mi duda es: ¿la factura rectificativa la debo emitir al 18%? De ser así, ¿dónde lo declaro en el 303 y en el 390? Porque las casillas del 18% hace tiempo que desaparecieron..
Muchas gracias
Un saludo